Rund 150 wissenschaftshistorische Instrumente – darunter historische Originale sowie Replikationen – umfasst die im Ernst-Haeckel-Haus aufbewahrte Sammlung. Sie dient sowohl der Lehre (Experimentelle Wissenschaftsgeschichte ist ein Wahlpflichtmodul) als auch der Forschung. Außerdem wird sie in Ausstellungsprojekte im Bereich der Wissenschaftswahrnehmung, Technik- und Kunstgeschichte und zunehmend in Schulprojekte eingebunden.